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课程目标 让您从零基础小白通过一年时间的学习操作成为生物信息分析达人。 课程目录 01生物信息入门 【录播】生物信息入门(40分钟) 02Linux基础 【录播】Linux介绍(95分钟) 【录播】Linux基础(59分钟) 【录播】目录结构(93分钟) 【录播】文件操作1(57分钟) 【录播】文件操作2(91分钟) 【录播】编辑脚本(92分钟) 【录播】权限与任务管理(74分钟) 03生物软件及数据库 【录播】生物软件简介(49分钟) 【录播】安装已编译软件(93分钟) 【录播】源代码编译(86分钟) 【录播】环境配置(52分钟) 【录播】bioconda(37分钟) 【录播】腾讯云安装软件(41分钟) 【录播】虚拟环境(70分钟) 【录播】生物数据库管理(60分钟) 04illumina测序原理及数据处理 【录播】测序数据下载(50分钟) 【录播】了解测序这件事(42分钟) 【录播】illumina测序原理之建库(42分钟) 【录播】illlumina测序原理之测序(56分钟) 【录播】fastq文件介绍(41分钟) 【录播】fastq文件处理(53分钟) 【录播】数据质控和过滤(89分钟) 05pacbio测序原理及数据处理 【录播】pacbio测序原理(54分钟) 【录播】pacbio数据处理(19分钟) 06nanopore测序原理及数据处理 【录播】nanopore测序原理(65分钟) 【录播】碱基识别(35分钟) 【录播】nanopore数据处理(51分钟) 07解决软件报错 【录播】解决软件报错(75分钟) 08新冠病毒数据分析 【录播】新冠病毒测序(64分钟) 【录播】下载新冠病毒基因组序列(90分钟) 【录播】下载新冠分析数据库(56分钟) 【录播】新冠病毒快速鉴定(54分钟) 【录播】新冠参考基因组拼接(89分钟) 【录播】新冠病毒拼接结果验证(26分钟) 【录播】拼接新冠病毒基因组(28分钟) 【录播】ArticNetWork流程(30分钟) 09构建系统发育树 【录播】构建系统发育树(59分钟) 【录播】iTol美化系统发育树(34分钟) 【录播】变种病毒识别(19分钟) 10二代基因组拼接 【录播】了解基因组拼接(48分钟) 【录播】基因组拼接原理(27分钟) 【录播】kmer估计基因组大小(70分钟) 【录播】二代测序拼接算法(29分钟) 【录播】二代测序拼接实战(61分钟) 11拼接结果统计及评估 【录播】fasta格式文件介绍与处理(52分钟) 【录播】quast评估(47分钟) 【录播】busco评估(28分钟) 【录播】tablet以及bandage评估(33分钟) 12基因组拼接探索 【录播】基因组拼接探索(75分钟) 【录播】混合拼接(116分钟) 13三代测序基因组拼接 【录播】pacbio及nanopore基因组拼接(90分钟) 【录播】组装结果纠错(109分钟) 【录播】细菌完成图(58分钟) 【录播】不同物种拼接练习(71分钟) 14基因组序列分析 【录播】原核生物基因预测(67分钟) 【录播】真核生物基因预测(65分钟) 【录播】基因功能注释(73分钟) 【录播】ncRNA分析(61分钟) 【录播】重复序列分析(53分钟) 15序列比对 【录播】blast比对(62分钟) 【录播】blast使用案例(92分钟) 【录播】全局比对(83分钟) 16共线性分析 【录播】共线性分析(42分钟) 【录播】MCScanX共线性分析(55分钟) 17基因家族分析 【录播】基因家族分析(83分钟) 18测序数据比对 【录播】测序数据比对(59分钟) 【录播】短序列比对练习(53分钟) 【录播】长读长序列比对(53分钟) 【录播】多重比对问题如何处理(19分钟) 19sam和bam文件处理 【录播】sam和bam格式文件介绍(37分钟) 【录播】sam和bam处理案例（上）(72分钟) 【录播】sam和bam处理案例（下）(50分钟) 20Linux高级操作 【录播】生物信息常用文件格式(45分钟) 【录播】正则表达式(20分钟) 【录播】文件搜索(55分钟) 【录播】文本搜索grep(51分钟) 【录播】文本编辑(79分钟) 21表格处理 【录播】cut-sort-uniq(29分钟) 【录播】表格处理awk(63分钟) 【录播】bioawk(15分钟) 【录播】csvtk(25分钟) 【录播】datamash(40分钟) 22shell编程 【录播】shell变量(20分钟) 【录播】shell循环(54分钟) 【录播】shell判断(18分钟) 23生物信息分析服务器简介 【录播】服务器简介(33分钟) 【录播】选购硬件(27分钟) 【录播】安装操作系统(32分钟) 【录播】选择RAID(22分钟) 【录播】设置云服务器(31分钟) 【录播】yum工具(30分钟) 【录播】磁盘操作(19分钟) 24生物信息分析平台搭建 【录播】基础环境配置(45分钟) 【录播】升级centos-stream(29分钟) 【录播】重置服务器练习(20分钟) 【录播】用户管理(43分钟) 【录播】配置生物软件(43分钟) 【录播】配置生物数据库(15分钟) 【录播】配置R语言分析环境(38分钟) 【录播】安装网络应用(17分钟) 25ubuntu系统配置 【录播】ubuntu系统配置(29分钟) 【录播】虚拟机安装ubuntu(10分钟) 26R语言入基础入门 【录播】R语言简介(41分钟) 【录播】R语言以及Rstudio安装(27分钟) 【录播】rstudio设置(37分钟) 【录播】开始使用R(48分钟) 【录播】R环境设置(26分钟) 【录播】R包管理(77分钟) 【录播】文件操作(59分钟) 27R数据结构 【录播】向量(58分钟) 【录播】向量索引(55分钟) 【录播】矩阵(40分钟) 【录播】数据框(53分钟) 【录播】因子列表缺失数据(46分钟) 28R数据处理 【录播】数据处理(46分钟) 【录播】数据转换(58分钟) 【录播】随机抽样以及数据探索(52分钟) 【录播】分组计算以及数据透视表(38分钟) 【录播】tidyverse(61分钟) 【录播】dplyr数据处理(51分钟) 29R统计检验 【录播】独立性卡方检验(39分钟) 【录播】独立性t检验(59分钟) 【录播】相关性检验(18分钟) 30R统计建模 【录播】统计建模(68分钟) 【录播】购物篮分析(36分钟) 【录播】机器学习预测乳腺癌(43分钟) 31.R基础绘图（8节） 1.R语言技巧 19分钟 2.R基础绘图 53分钟 3.直方图 67分钟 4.饼图以及扇形图 18分钟 5.条形图以及分组条形图 33分钟 6.箱线图以及小提琴图 24分钟 7.韦恩图 30分钟 8.绘图布局 36分钟 32.ggplot2绘图（6节） 1.ggplot2绘图 60分钟 2.ggplot2散点图直方图条形图 69分钟 3.ggplot2分组条形图以及箱线图 64分钟 4.ggplot2小提琴图以及主题设置 34分钟 5.ggplot2扩展 72分钟 6.科学文献绘图 98分钟 33.基因表达调控简介（3节） 1.基因表达调控 40分钟 2.GEO数据库简介 27分钟 3.关于基因的概念17分钟 34.RNAseq概述（5节） 1.RNAseq简介 35分钟 2.RNAseq原理 37分钟 3.RNAseq建库方法 34分钟 4.RNAseq不同测序平台比较 23分钟 5.RNAseq定量方法 42分钟 35.RNAseq分析（10节） 1.RNAseq分析环境搭建 21分钟 2.bioconductor 28分钟 3.下载参考序列 52分钟 4.下载练习数据 36分钟 5.数据质控过滤 46分钟 6.hisat2建立索引19分钟 7.hisat2比对 26分钟 8.featureCounts计数16分钟 9.STAR比对16分钟 10.HTSeq-count计数18分钟 36.利用R分析RNAseq数据（4节） 1.DESeq2分析RNAseq数据 74分钟 2.DESeq2练习 37分钟 3.edgeR分析RNAseq数据 43分钟 4.edgeR练习 27分钟 37.差异表达基因注释以及富集分析（5节） 1.差异表达基因功能注释 44分钟 2.富集分析 44分钟 3.注释富集练习 16分钟 4.非模式生物注释富集 22分钟 5.GSEA分析 70分钟 38.单细胞测序概述（3节） 1.单细胞测序概述 47分钟 2.单细胞测序原理 55分钟 3.10xgenomics资源以及常见问题 28分钟 39.单细胞测序数据分析（5节） 1.单细胞分析环境搭建 35分钟 2.利用cellranger分析单细胞数据 39分钟 3.结果解读 24分钟 4.LoupeBrowser 14分钟 5.10x练习数据 18分钟 40.利用Seurat分析单细胞数据（7节） 1.安装Seurat 35分钟 2.Seurat读取数据 26分钟 3.质控过滤以及标准化 23分钟 4.聚类 32分钟 5.细胞亚群分类 35分钟 6.寻找marker基因以及细胞鉴定 46分钟 7.Seurat练习 40分钟 41.单细胞亚群细胞鉴定（2节） 1.CellMarker细胞鉴定 33分钟 2.SingleR自动化注释 49分钟 42.利用monocle3分析单细胞数据（6节） 1.monocle3简介以及安装 26分钟 2.monocle3读取数据 22分钟 3.利用monocle3分析单细胞数据 36分钟 4.monocle练习 15分钟 5.利用garnett鉴定细胞 15分钟 6.拟时分析 35分钟 43.空间转录组（1节） 1.空间转录组 39分钟 44.宏基因组简介（2节） 1.宏基因组简介 56分钟 2.宏基因组建库测序 21分钟 45.宏基因组分析环境搭建（2节） 1.宏基因组分析环境搭建 39分钟 2.国内镜像下载宏基因组数据库18分钟 46.三代nanopore测序宏基因组数据分析（6节） 1.物种分类原理 43分钟 2.centrifuge安装 24分钟 3.centrifuge数据库18分钟 4.三代测序宏基因组物种分类鉴定 43分钟 5.pavian结果可视化 27分钟 6.物种分类练习 25分钟 47.临床病原微生物检测（2节） 1.临床样本病原微生物检测 27分钟 2.批量进行致病菌鉴定 22分钟 48.二代宏基因组测序数据分析（5节） 1.二代宏基因组分析软件安装 28分钟 2.二代宏基因组分析数据库下载 54分钟 3.kneaddata质控 26分钟 4.metaphlan物种分类 29分钟 5.humann功能分析16分钟 49.宏基因组分析结果可视化（2节） 1.megan物种分类结果可视化 41分钟 2.stamp分组比较 55分钟 50.二代宏基因组拼接（2节） 1.二代宏基因组模拟数据拼接 52分钟 2.二代宏基因组真实数据拼接 44分钟 51.三代纳米孔宏基因组拼接（4节） 1.三代纳米孔宏基因组拼接 26分钟 2.nanopore模拟数据拼接 50分钟 3.nanopore宏基因组真实数据拼接 30分钟 4.纳米孔组装纠错 30分钟 52.宏基因组功能分析（4节） 1.宏基因组基因预测 31分钟 2.cdhit去冗余 26分钟 3.宏基因组基因功能注释 20分钟 4.宏基因组定量分析 27分钟 53.metawrap分箱（3节） 1.metawrap分箱 27分钟 2.metawrap配置 27分钟 3.metawrap案例 22分钟 54.扩增子分析简介（6节） 1.225-扩增子测序简介 55分钟 2.226-OTU还是ASV？17分钟 3.227-alpha和beta多样性 35分钟 4.16S分析环境搭建 42分钟 5.229-metadata9分钟 6.230-探索16S序列14分钟 55.利用qiime2分析16S数据（6节） 1.231-qiime2简介 27分钟 2.232-qiime2导入数据 44分钟 3.233-qiime2实战 44分钟 4.234-多样性分析 40分钟 5.235-物种分类鉴定及可视化 23分钟 6.236-不同组间丰度差异比较 22分钟 56.利用R分析16S数据（6节） 1.237-拆分barcode17分钟 2.238-利用dada2处理16S数据 51分钟 3.239-dada2物种分类鉴定 26分钟 4.240-dada2练习案例19分钟 5.241-利用phyloseq可视化结果 20分钟 6.242-16S功能分析16分钟 57.人基因变异检测（4节） 1.243-人基因组分析简介 35分钟 2.244-全基因组与外显子和panel测序18分钟 3.245-参考序列的影响17分钟 4.246-拼接与reads比对方法比较19分钟 58.人基因组数据分析环境搭建（2节） 1.247-人基因组分析环境搭建 49分钟 2.248-瓶中基因组15分钟 59.二代测序变异检测（8节） 1.249-gatk简介 22分钟 2.250-变异检测原理 22分钟 3.251-生成bam 43分钟 4.252-bam文件处理 50分钟 5.253-gatk变异检测 43分钟 6.254-外显子与panel数据分析 25分钟 7.255-vcf文件 64分钟 8.256-snp注释 53分钟 60.三代纳米孔变异检测（3节） 1.257-纳米孔测序变异检测原理17分钟 2.258-纳米孔数据比对10分钟 3.259-纳米孔测序SNP与SV检测 37分钟 61.igv变异结果可视化（1节） 1.260-igv变异可视化 27分钟 62.课程配套讲义+PPT+代码
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发表于 2024-11-21 21:03:00